Завершающая часть полнометражной аниме-адаптации манги Хирому Аракавы подводит итоги многолетней истории братьев Эдварда и Альфонса Элриков, которые с самого начала пути пытались вернуть себе тела, потерянные после неудачной попытки воскресить мать с помощью запретной алхимии. Действие разворачивается сразу после событий второй части фильма, где герои вступили в открытую конфронтацию с военным...
Действие фильма разворачивается в 1614 году, когда после долгих междоусобиц Япония объединилась под властью первого сёгуна Токугавы Иэясу. Деревни ниндзя кланов Кога и Ига, которые веками воевали друг с другом, получают приказ сёгуната прекратить распри и жить в мире, но старые обиды слишком глубоки, и даже официальный запрет на кровную месть не может сразу остановить вражду между кланами.