После событий первого фильма Ларри Дэйли уже не так сильно удивляется чудесам, происходящим в музее естественной истории Нью-Йорка: он успел привыкнуть к оживающим экспонатам, к философствованиям Теодора Рузвельта и к стычкам между римскими легионерами и ковбоями. Но однажды его ждет новый сюрприз: музей решают закрыть, а всех экспонатов перевезут в архив Смитсоновского института в Вашингтоне.
