На фоне первых лет Второй мировой войны, когда обычная жизнь в японских провинциях уже пропитана тревогой за ушедших на фронт родных и слухами о военных действиях, разворачивается история маленького Махито, который не успел пережить утрату матери и не может найти общий язык с новой семьей. Отец мальчика, занятый работой на оборонном заводе, почти не появляется дома, а беременная мачеха, сестра...
В небольшом японском рыбацком порту, где шум прибоя смешивается с криками чаек и разговорами местных жителей, на старой прогулочной лодке живут два необычных персонажа: пышка Никуко, которая работает на рыбном рынке, и её дочь Кохоку, тихая девочка, которая обожает рисовать и наблюдать за жизнью порта.
10-летняя Мэри отправлена родителями на летние каникулы в глухую деревню к бабушке, где кроме пожилых жителей почти нет никого, и скука заставляет девочку бродить по окрестностям в поисках хоть какого-то развлечения. Однажды она замечает странного кота, который ускользает в лес, и решает проследить за ним, не подозревая, что это решение изменит её каникулы раз и навсегда.
В обычном доме на окраине города под старым половиком живёт семья лилипутов, которые тайно от хозяев заимствуют у них мелкие вещи — сахарные кристаллы, иголки, обрезки ткани, чтобы обустроить свой уютный мир. Их существование строго засекречено: контакт с людьми считается смертельно опасным, потому что большинство взрослых не готовы принять существ, которые живут рядом с ними, не привлекая...