После кошмарных событий первой части Рейчел Келлер решает порвать с прошлым: она переезжает с маленьким сыном Айдэном в тихий уединённый городок в штате Орегон, надеясь похоронить воспоминания о проклятой видеокассете и смерти бывшего мужа, и начать нормальную спокойную жизнь. Но её надежды рушатся в тот момент, когда в окрестностях совершается загадочное убийство подростка, а на месте...
«Академия ниндзя» — редкий пример американской комедии конца 80-х, которая с юмором обыгрывает стереотипы про боевые искусства и не пытается имитировать серьезные азиатские боевики того времени. Сюжет строится вокруг легендарных золотых нунчаков, которые издревле считаются символом высшего мастерства ниндзя и передаются только тому, кто докажет своё превосходство.