Действие фильма разворачивается в последние дни Второй мировой войны и сразу после её окончания. Главный герой — камикадзе Коити Сикисима, которому удалось выжить после того, как он посадил поврежденный самолёт на остров Одо, где располагалась ремонтная база императорской армии. В тот же вечер на остров напал огромный ящер, которого местные жители назвали Годзиллой.
Действие фильма разворачивается в 1614 году, когда после долгих междоусобиц Япония объединилась под властью первого сёгуна Токугавы Иэясу. Деревни ниндзя кланов Кога и Ига, которые веками воевали друг с другом, получают приказ сёгуната прекратить распри и жить в мире, но старые обиды слишком глубоки, и даже официальный запрет на кровную месть не может сразу остановить вражду между кланами.