После событий первой части Бастиан Боккс уже не тот робкий мальчик, который украл у книжного продавца «Бесконечную историю», но в реальной жизни он всё ещё сталкивается с трудностями: не может найти общий язык с отцом, боится высказывать своё мнение и защищать то, что считает важным. Когда он снова находит заветную книгу, оказывается, что волшебная страна Фантазия снова нуждается в его помощи...
Действие разворачивается в далеком будущем, когда человечество ведет изнурительную войну с агрессивной расой драхов, похожих на крупных рептилий. Конфликт идет уже так долго, что обе стороны почти забыли, как он начинался, и воспринимают друг друга исключительно как смертельных врагов, достойных только уничтожения.