После событий предыдущих частей франшизы про Джека Райана герой Харрисона Форда поднимается по карьерной лестнице ЦРУ до поста директора разведывательного управления, теперь он входит в круг ближайших советников президента США и имеет доступ к самой закрытой информации страны. Вскоре он получает доклад о тайных военных операциях, проводимых американскими наемниками на территории Колумбии...
Действие фильма разворачивается в 1942 году, когда США, вступившие во Вторую мировую войну, узнают о работе немецких физиков над созданием ядерного оружия. Для обороны от потенциальной угрозы и быстрого окончания конфликта американское руководство запускает сверхсекретную программу под кодовым названием «Манхэттенский проект», цель которой — разработка и создание первой в мире атомной бомбы.