На фоне первых лет Второй мировой войны, когда обычная жизнь в японских провинциях уже пропитана тревогой за ушедших на фронт родных и слухами о военных действиях, разворачивается история маленького Махито, который не успел пережить утрату матери и не может найти общий язык с новой семьей. Отец мальчика, занятый работой на оборонном заводе, почти не появляется дома, а беременная мачеха, сестра...
В обычном доме на окраине города под старым половиком живёт семья лилипутов, которые тайно от хозяев заимствуют у них мелкие вещи — сахарные кристаллы, иголки, обрезки ткани, чтобы обустроить свой уютный мир. Их существование строго засекречено: контакт с людьми считается смертельно опасным, потому что большинство взрослых не готовы принять существ, которые живут рядом с ними, не привлекая...