Это анимационный перезапуск культовой франшизы о черепашках-ниндзя, над которым работали создатели фильма «Человек-паук: Через вселенные». В центре истории четверо братьев — Леонардо, Рафаэль, Донателло и Микеланджело — которые всю жизнь скрывались от людей в подземных тоннелях Нью-Йорка и обучались ниндзюцу у своего наставника, крысы Сплитера.
После событий первого фильма четыре черепашки-ниндзя, обученные мастером Сплинтером боевым искусствам и живущие в канализации Нью-Йорка, надеялись на спокойную жизнь, пока не столкнулись с новой угрозой. Недобитки Клана Фут вместе с безумным профессором Стокманом освобождают Шреддера, который использует разработанный ученым портал в другое измерение, чтобы призвать на Землю армию...
Действие разворачивается сразу после того, как агенты ФБР, работающие на Гавайях под прикрытием владельцев секс-радиостудии, получают через спутник данные о переброске террористами оружия и взрывчатки в Техасе. Диктор студии Айва отправляет шифрованное сообщение коллегам из Техаса по прозвищам Тигрица и Страж, которым удается уничтожить нападавших.
Эксперт по операциям за границей, много лет работавший на ЦРУ, после ухода из спецслужбы не остановился на законной деятельности и создал собственный преступный клан, который быстро вышел на международный уровень. Под его руководством синдикат занимается контрабандой драгоценных камней, эксплуатацией людей и организацией порнобизнеса, а его влияние распространяется сразу на несколько стран,...
Эта экранизация культового американского комикса стала первой полнометражной работой о приключениях четырёх братьев-мутантов, которые стали культовыми персонажами поп-культуры по всему миру. После контакта с радиоактивными отходами в канализационных тоннелях Нью-Йорка обычные домашние черепашки и крыса по кличке Сплинтер мутировали, приобрели человеческий рост, разум и способность говорить.