Действие фильма разворачивается в последние дни Второй мировой войны и сразу после её окончания. Главный герой — камикадзе Коити Сикисима, которому удалось выжить после того, как он посадил поврежденный самолёт на остров Одо, где располагалась ремонтная база императорской армии. В тот же вечер на остров напал огромный ящер, которого местные жители назвали Годзиллой.
Это одна из самых тихих и пронзительных работ создателя «Твоего имени», не имеющая фэнтези-сюжетов и масштабных сцен, но затрагивающая самые глубокие струны души. Название отсылает к скорости, с которой опадают лепестки сакуры — 5 сантиметров в секунду, и это точная метафора того, как быстро люди расходятся, даже если когда-то были неразлучны.