Действие разворачивается в вымышленной элитной католической школе святой Лилианы, основанной в 1902 году в районе Мусасино Токио. Учебное заведение славится строгой дисциплиной и уникальной системой наставничества: старшие ученицы берут под свою опеку младших, как родных сестёр, а руководство школой осуществляет совет Ямаюрикай, состоящий из трёх старшекурсниц с титулами Роз — Роза Хиненсис,...
Действие разворачивается в эпоху феодальной Японии, когда в провинции Ямасиро вспыхивает страшная эпидемия чумы, заставляющая всех местных жителей спешно покидать свои дома. Глава самурайского клана Мотидзукэ отправляет в покинутые земли оставшихся ниндзя клана Кога, чтобы те выяснили причину бедствия и оценили ситуацию на месте.