После событий первого фильма четыре черепашки-ниндзя, обученные мастером Сплинтером боевым искусствам и живущие в канализации Нью-Йорка, надеялись на спокойную жизнь, пока не столкнулись с новой угрозой. Недобитки Клана Фут вместе с безумным профессором Стокманом освобождают Шреддера, который использует разработанный ученым портал в другое измерение, чтобы призвать на Землю армию...
Главная героиня фильма — Диана, которая 15 лет назад чудом выжила во время массовой перестрелки в американском колледже, где погибли многие ее сверстники. Сейчас она замужняя домохозяйка, воспитывает восьмилетнюю дочь, внешне ее жизнь кажется устроенной и спокойной, но внутренние терзания не проходят уже много лет.