Заключительная часть трилогии о приключениях ночного сторожа Музея естественной истории Ларри Дэйли возвращает зрителей в знакомую атмосферу магии и неожиданных встреч, где с наступлением темноты экспонаты оживают и готовы к любым шалостям. Герою грозит серьезная проблема: древнеегипетская золотая пластина фараона Ахкменра, которая дарует жизнь музейным обитателям, начинает разрушаться, и...
После событий первого фильма Ларри Дэйли уже не так сильно удивляется чудесам, происходящим в музее естественной истории Нью-Йорка: он успел привыкнуть к оживающим экспонатам, к философствованиям Теодора Рузвельта и к стычкам между римскими легионерами и ковбоями. Но однажды его ждет новый сюрприз: музей решают закрыть, а всех экспонатов перевезут в архив Смитсоновского института в Вашингтоне.
Ларри Дейли только что окончил колледж, не может найти стабильную работу, чтобы обеспечить сына, и по совету знакомого решает попробовать себя в роли ночного сторожа в Музее естественной истории. На первый взгляд обязанности кажутся простыми: обойти залы, закрыть двери, никого не пустить внутрь, но уже в первую смену он понимает, что работа куда сложнее, чем он предполагал.