Действие картины разворачивается в мире, который пережил ядерную катастрофу и полный распад цивилизации: бывшие территории США разделены на разрозненные поселения выживших, которые живут по законам сильного, не имеют стабильной связи друг с другом и вынуждены бороться за каждый кусок хлеба. Власть в регионе принадлежит жестокому генералу Бетлехему, чья армия грабит мирных жителей, подавляет...
«Академия ниндзя» — редкий пример американской комедии конца 80-х, которая с юмором обыгрывает стереотипы про боевые искусства и не пытается имитировать серьезные азиатские боевики того времени. Сюжет строится вокруг легендарных золотых нунчаков, которые издревле считаются символом высшего мастерства ниндзя и передаются только тому, кто докажет своё превосходство.