Это анимационный перезапуск культовой франшизы о черепашках-ниндзя, над которым работали создатели фильма «Человек-паук: Через вселенные». В центре истории четверо братьев — Леонардо, Рафаэль, Донателло и Микеланджело — которые всю жизнь скрывались от людей в подземных тоннелях Нью-Йорка и обучались ниндзюцу у своего наставника, крысы Сплитера.
После того как Харли Квинн взорвала химзавод и публично объявила о расставании с Джокером, она осталась без его покровительства и стала мишенью для множества криминальных авторитетов Готэма, которые давно хотели отомстить ей за прошлые выходки. Девушка больше не тоскует по несостоявшимся отношениям и пытается построить самостоятельную жизнь, но постоянные угрозы и погони не оставляют ей...
Джош Футтурман не слишком удачлив в обычной жизни: он работает уборщиком, не видит перспектив на работе, а все свободное время проводит за игрой Biotic Wars, в которой до него еще никто не добился полного прохождения. Когда он наконец закрывает игру на всех уровнях, его ждет сюрприз: прямо в его квартиру врываются два героя игры — Тигр и Волк — и заявляют, что они прибыли из будущего, где...