История молодой писательницы, которая решает сменить обстановку и снимает уютный пляжный домик в Малибу, надеясь найти в тишине и спокойствии вдохновение для нового романа. Девушка только начинает привыкать к новому месту, как замечает, что в доме происходят странные, необъяснимые вещи: вещи меняют места сами по себе, слышатся неясные голоса, а по ночам появляется полупрозрачная фигура молодой...
«Академия ниндзя» — редкий пример американской комедии конца 80-х, которая с юмором обыгрывает стереотипы про боевые искусства и не пытается имитировать серьезные азиатские боевики того времени. Сюжет строится вокруг легендарных золотых нунчаков, которые издревле считаются символом высшего мастерства ниндзя и передаются только тому, кто докажет своё превосходство.