После событий первого фильма четыре черепашки-ниндзя, обученные мастером Сплинтером боевым искусствам и живущие в канализации Нью-Йорка, надеялись на спокойную жизнь, пока не столкнулись с новой угрозой. Недобитки Клана Фут вместе с безумным профессором Стокманом освобождают Шреддера, который использует разработанный ученым портал в другое измерение, чтобы призвать на Землю армию...
В обычный рабочий день опытный авиадиспетчер Дилан сталкивается с ситуацией, которая может закончиться масштабной катастрофой: без предупреждения на экранах навигации появляется мощная световая вспышка, два пассажирских судна оказываются на курсе лобового столкновения. Дилан успевает развести маршруты в последний момент, но с этого дня его жизнь перестает быть прежней — на работе начинают...