Действие ленты разворачивается в 1971 году, за несколько лет до событий первого фильма знаменитой франшизы «Омен». Главная героиня — молодая девушка Маргарет, которая приезжает из США в Рим, чтобы принять монашеский сан и посвятить свою жизнь служению церкви. Девушка уверена, что сделала правильный выбор, и пока не подозревает, какие испытания ждут ее в древнем городе.
История разворачивается в стенах закрытого специализированного учреждения, куда попадают люди, столкнувшиеся с необъяснимыми потусторонними явлениями — его обитатели проходят обследование, пытаются разобраться в природе пережитых событий и адаптироваться к обычной жизни после встречи с тем, что не поддается логическому объяснению.
Испанские кинематографисты снова доказывают, что ужасы не обходятся без глубокого погружения в местные фольклорные традиции, и «Синистер. Новые души» — яркое тому подтверждение. Главная героиня, маленькая Эмма, уже долго сталкивается с необъяснимыми явлениями: она видит призраков детей, которые просят о помощи и шепчут о зловещем месте в старом заброшенном храме на окраине города.